注：下面仅列出2000年以后的获奖项目。
2003年：中国载人航天工程
2004年：东风31导弹武器系统
2006年：歼十飞机工程
2007年：红旗9号导弹武器系统工程（9409工程）
2008年：青藏铁路工程 ；长剑系列陆基、空射巡航导弹武器系统；导弹反卫系统（805工程）
2009年：绕月探测工程；第三代常规动力潜艇项目；“1110工程”
2010年：大庆油田高含水后期4000万吨以上持续稳产高效勘探开发技术
2011年：青藏高原地质理论创新与找矿重大突破
2012年：特高压交流输电关键技术、成套设备及工程应用；特大型超深高含硫气田安全高效开发技术及工业化应用
2013年：两系法杂交水稻技术研究与应用
2014年：超深水半潜式钻井平台“海洋石油981”研发与应用
2015年：京沪高速铁路工程 ；高效环保芳烃成套技术开发及应用 高校获国家科学技术进步奖特等奖通用项目情况： 年度获奖编号项目名称完成高校及名次
（未注明则为独立完成单位） 2008J-221-0-01 青藏铁路工程 西南交通大学（9）
北京交通大学（10）
中南大学（11）
兰州交通大学（12）
石家庄铁道大学（13）
北京科技大学（34）
青海大学医学院（49） 2010 J-210-0-01大庆油田高含水后期4000万吨以上持续稳产高效勘探开发技术东北石油大学（3）
中国石油大学（北京）（4）
中国地质大学（武汉）（5）
清华大学（6）
山东大学（7） 2011J-252-0-01 青藏高原地质理论创新与找矿重大突破 中国地质大学（北京）（9）
吉林大学（16）
中国地质大学（武汉）（19）
成都理工大学（24） 2012J-217-0-01特高压交流输电关键技术、成套设备及工程应用清华大学（22）
西安交通大学（23） 2012J-210-0-01特大型超深高含硫气田安全高效开发技术及工业化应用西南石油大学（4）
中国石油大学（北京）（6）
长江大学（7） 2013J-201-0-01两系法杂交水稻技术研究与应用 华中农业大学（5）
武汉大学（6）
湖南师范大学（8）
江西农业大学（9）
华南农业大学（14） 2014J-210-0-01超深水半潜式钻井平台“海洋石油981”研发与应用 西南石油大学（5）
上海交通大学（6）
大连理工大学（12）
哈尔滨工程大学（13）
江苏科技大学（17）
重庆科技学院（18） 2015J-223-0-01京沪高速铁路工程北京交通大学（25）
西南交通大学（26）
中南大学（27）
石家庄铁道大学（28） 备注：表格信息整理自中华人民共和国教育部科技发展中心和中华人民共和国科学技术部
