《密查》全剧共39集（部分资料标注44集，以实际播出为准），剧情围绕1938年西安“宣侠父失踪案”展开，以下是全剧大致剧情介绍：
前10集：1938年国共合作抗日期间，中共将领宣侠父被国民党特务秘密杀害，迫于舆论压力，国民党成立“破反专署”调查此案，中共地下党员武仲明以原中统特工身份担任专员。他一上任就遭遇军统徐亦觉的猜忌与试探，不过武仲明通过“地雷危机”“古钱币接头”等事件，初步在“破反专署”站稳了脚跟。
中10集：案件调查陷入了僵局。武仲明经过仔细侦查，发现“户县焚尸案”是伪造的，同时他还揭露了日特“菊剑”的暗杀阴谋。在这个过程中，武仲明与国民党千金蒋宝珍产生了情感纠葛。
后19集：武仲明的身份险些暴露，但他凭借“抽大烟伪装”“华清池疗伤”等情节化险为夷。在地下党的协助下，武仲明逐步接近真相。最终，他拿到了蒋介石密裁宣侠父的手谕，迫使国民党承认了杀害宣侠父的罪行，完成了党交给他的任务。
该剧融合了谍战与推理元素，聚焦小人物在大时代中的挣扎，通过展现武仲明的双面人生，呈现了隐蔽战线的激烈斗争。
