中国报关协会的指导单位是海关总署。中国报关协会是在海关总署的业务指导下，由依法取得报关从业资格，在海关注册登记，代表中华人民共和国向海关办理进出口货物报关纳税等事宜的境内企业、单位以及个人自愿结成的全国性、行业性、非营利性社会组织。协会接受登记管理机关民政部的监督管理和国务院有关部门的业务指导。海关总署作为中国政府的海关部门，负责全国海关工作、组织推动口岸“大通关”建设、海关监管工作、进出口关税及其他税费征收管理、出入境卫生检疫和出入境动植物及其产品检验检疫、进出口商品法定检验、海关风险管理、国家进出口货物贸易等海关统计、全国打击走私综合治理工作、制定并组织实施海关科技发展规划以及实验室建设和技术保障规划、海关领域国际合作与交流、垂直管理全国海关、完成党中央国务院交办的其他任务。因此，在业务指导方面，海关总署对中国报关协会具有权威性和专业性。中国报关协会在海关总署的指导下，积极履行行业自律、协调、服务、维权等职能，推动报关行业的健康发展，为会员单位提供优质服务，促进行业内部的信息交流、经验分享和业务合作，同时也为政府决策提供参考和建议，为提升我国报关行业的整体水平和国际竞争力做出了积极贡献。
