漫画《妹妹恋人》的结局是：赖和郁在矢野的别墅里度过了难忘了日子，但这也是他们要分别的日子，由于他们的母亲病重，两人必须回去，赖和郁在房间里进行最后的温存，两人获取了对方最后的记忆。后来赖的日记本上也写了他与郁最后在一起的日子，里面有他们在矢野家那个别墅里交的作业。《妹妹恋人》讲述了结城家的双胞胎赖和郁的故事，他们有着任谁看了都会为之惊叹的英俊外表，是桀骜不驯的学校“名人”。可几乎没有人知道他们是彼此深深爱着的亲生兄妹，从小感情笃厚。虽然赖理所当然地以为郁会永远留在自己身边，以妹妹的身份，可郁却在16岁那年决定到美国留学。赖在郁临走前做了一个荒缪的决定：自己和郁更换了姓名的身份，随后也到了美国。在外国的生活，有苦恼有欢笑，赖的关爱与呵护让郁觉得一切都是那么幸福，可这仍旧不能彻底改变是孪生兄妹的事实，相同的血型给他们带来了诸多迷惘、困扰和忧伤。在结局部分，作者描绘了两人在矢野别墅的最后一夜，他们在面对离别的同时，也在享受最后的宁静和甜蜜。尽管他们知道即将要面对的是残酷的现实，但他们仍然选择在这一刻彼此深爱，获取对方的最后记忆。这段描绘充满了悲伤和无奈，但也凸显了两人之间深深的爱意和对未来的期待。最后，漫画以赖的日记本作为结尾，他在日记本上记录了他和郁在矢野家的最后时光，这既是他们爱情的见证，也是他们生活的一部分。虽然他们的爱情充满了困扰和忧伤，但他们依然选择深深地爱着对方，这就是《妹妹恋人》所要传达的主题。
