《专列一号》的大结局是：186次列车安全返航，开往北京。
解放军攻进了地下巢穴，但没有抓住教主，盖振海也没有看见海伦。乔长军把全体俘虏集中到大厅，喝令教主现身。突然，一面石墙轰隆隆打开，一个穿着教主服装的人出来，却是海伦。盖振海无法相信这一切，他和海伦紧紧拥抱在一起。
藏在俘虏堆里的阿根突然拉动一个开关，高喊说自己就是教主，这里有一千公斤炸药就要爆炸，大家会同归于尽。这时海伦说出了导火线的位置，盖振海扑了过去，导火线被阻断了。教主势力被清除了，乔长军凯旋，陈法音和林亚夫、顾可依等抓住了崔洪斌，内部的最后一个毒瘤也清除了。
乔长军的血液里含有天然的抗体，可以用来对付病毒。敌人在海伦的身体里注射了病毒，海伦被送进了医院，盖振海一直在陪伴她。乔长军也在医院，他在昏迷的韩冰病床前祈祷她尽快醒来，绝不再分开。186次列车安全返航，开往北京。
《专列一号》剧集评价
该剧题材新颖，剧中人物的设置也显得别有新意。作为一部谍战年代戏，《专列一号》罕有地将故事背景放在了建国后，间谍与反间谍、潜伏与反潜伏、策反与反策反，《专列一号》用紧张刺激的剧情，难度超高的题材，以及无数个鲜活的人物形象引爆谍战戏的又一个亮点。
与以往的谍战、反特题材不同，《专列一号》以紧张的潜伏侦查、无间道卧底、扎实的枪战场面取胜。该剧的一大亮点，是将故事场景安排在我国重要的边境城市满洲里，满洲里是中俄两国的门户，剧组在数九寒冬中完成全剧的外景拍摄。
