该目是医学、兽医昆虫学中的重要类群之一。医学上的重要性表现在两个方面：首先是直接的侵袭，蚤类于人畜家禽寄生吸血后，其涎液可导致皮炎、奇痒或变态反应，影响生活甚至生命安全。例如，热带非洲和中南美洲的穿皮潜蚤雌虫主要由土面钻入人畜足趾皮下寄生，而由皮肤伤口引起继发性感染以至死亡。长期大量寄生猫狗的栉首蚤、寄生绵羊、牛类的蠕形蚤和长喙蚤以及寄生鸡的禽角头蚤，都是世界著名的害虫。另一方面更重要的是：蚤类可直接传播蚤媒病，特别是腺鼠疫。欧洲中世纪曾因鼠疫流行而夺去1/4人口的生命。世界不少地区仍然存在动物鼠疫自然疫源地。全世界自然感染鼠疫菌的蚤类近200种和亚种，中国已知36种和亚种，在这些疫源地仍须采取监测措施。此外，蚤类，特别是印鼠客蚤，还是鼠源性斑疹伤寒的主要媒介。在啮齿动物和哺乳动物之间，蚤类保持和传播土拉伦菌病和俄国春夏型脑炎。欧洲兔蚤传播兔粘性肿瘤病毒，在英国曾引起养兔场的灾难。
大洋洲由于传入的欧洲穴兔猖獗成灾，曾有意地利用欧洲兔蚤进行生物学灭兔。很早以前有人发现蚤类是犬绦虫的宿主，蚤类在犬猫间、偶尔在儿童间传播，造成绦虫病。
