诺基亚E63运行的是Symbian 9.2操作系统，搭配S60第3.1版用户界面。Symbian操作系统是由塞班公司开发的，旨在为移动设备提供支持。2008年12月2日，诺基亚收购了塞班公司，并继续发展Symbian系统，将其分为S60、S80、S90和UIQ等不同的版本。其中，S60用户界面专为触摸屏操作设计，以实现简便、单手操作的目标。S60平台提供了一个基于Symbian C++的开放、标准化开发环境，是智能电话领域的主流操作系统之一。此外，该平台也支持Java ME的开发，涵盖了从OS 5.x到9.x等多个版本的操作系统。
