舞台是继『遥远时空中2』后又过了大约100年的异世界。
主角春日望美是个普通的高中生少女，却因邂逅一名奇怪的少年，被选为『白龙的神子』，穿越时空移动到了正在展开源平之战的另一个世界。
主角在那里受到源氏军队的保护，并得知为了回到原来的世界，必须封印怨灵，提高龙神的力量。而制造与控制怨灵的正是平家，就这样，主角被卷入了与平家的战争。
统领平家的还内府，就是从黄泉归来的怨灵小松内府平重盛。由于敌将会控制怨灵，又富于智勇，源氏一次次陷入苦境。协助主角对抗平家的，是一群为了保护神子而被选中的名为『八叶』的男性。
随着故事的进展，主角会不断邂逅八叶，并让他们成为自己的同伴。通过共同战斗，克服数不清的危机，同伴之间的羁绊逐渐加深。然而，战乱，这一大时代的潮流，成为与思念的人结合的障害，甚至可能迎来悲哀的结局……
但即便如此，在故事中获得了穿越时空力量的主角仍然下定决心，
要回溯到过去，改变悲剧的命运，救出同伴和重要的人……
主角穿越时空，为实现这份恋情而展开的战斗，从这里才真正开始。 可以说是遥かなる时空の中で3的补完篇，对本传路线增加了新的结局与新的可攻略人物。
新的结局称为蜜月结局。（虽然叫蜜月结局，可是和蜜月基本上没关系……泪……）
需要同时拥有本传，即可进行mixjoy，否则只能进行青龙组的十六夜记路线。（所以没有本传基本上不能玩嘛……暗荣你真的很暗！！）
一共增加了2个可攻略人物（既平家双花，后面再做介绍），和一个主要角色（让某些孩子怨念的是为啥这个主要角色不能攻略= =） 本作是遥3系列的最后一部，与前两部大不同。本作的发生地点在现代镰仓，即本代神子春日望美的居住地。
接着本传的本传的大团圆结局（就是攻略所有人物后出来的新结局，可以说是通吃结局^_^），神子一行为了追踪逃到神子世界的最终boss茶吉尼天，全部来到了现代镰仓。但是由于不知名原因，龙脉被污染了，白龙不能发挥力量，所以无法开启时空隧道，大家只能暂时留在现代。
但是有一天，突然出现了一道奇怪的门，通向的竟然是一个巨大的迷宫。
随着对迷宫的逐步深入，望美的表现也有点奇怪……
遥远时空中3：命运的迷宫 爱藏版
Koei预定将于2009年10月22日推出PSP版《遥远时空中3：命运的迷宫 爱藏版》（遥かなる时空の中で3 运命の迷宫 爱蔵版），售价5040日币。本作为2006年推出PS2版的《遥远时空中3：命运的迷宫》追加全新事件及画面的移植版作品，是以女性恋爱为主轴的冒险游戏《遥远时空中》系列最新作。
