1981年12月3日，中共中央作出《关于恢复新疆生产建设兵团的决定》。 兵团恢复后的思想政治工作公检法等均由自治区领导，生产年度计划、长期规划、生产、财务、物资供应、劳动工资作为农垦部直属单位，受农垦部领导，同时列入自治区国民经济计划，成为区经济计划一部分。干部由兵团统一管理，并按中央干部管理权限审批；财政拨款纳入中央财政预算管理。现在中央发文通常都以“各省、自治区、直辖市、新疆生产建设兵团”，事实上新疆建设兵团受中央政府和新疆维吾尔自治区政府的双重管辖，享有省级的权限，并在国民经济和社会发展方面实行国家计划单列。兵团的党务和税收事务由自治区分管，而行政、司法、经济、财政等则由中央政府管理并依照国家法律自行管理内部的行政、司法事务。
