第三季剧情开始，Jonas在逃往巴拿马途中遭到政府刺客的追击。在华盛顿，Col. Ryan致力于调查幕后黑手，试图揭开秘密行动组分裂的真相。与此同时，Tiffy前往监狱探望Mack，努力修复他们婚姻的裂痕。Kim在安顿好孩子后返回德克萨斯，Jonas则在躲避追捕的同时，努力找出秘密组织瓦解的主谋，并寻找受折磨的Mack。回到基地，Kim受到CIA的监视，并接受了一项重要任务。
Episode 37中，Jonas保持隐蔽状态，Mack和Hector仍被关押在监狱中，Charles独自忙碌，Bob在墨西哥为国家安全局工作，而Ryan上校再次出现在国会议员听证会上回答问题。
在Episode 38，Jonas制定了一项计划，团队再次集结，为队伍正名。Kim隐藏在幕后工作，以避免国家安全局的人骚扰其他成员的家庭。
在Episode 39，行动组重新活跃，随时准备接受新任务。就在这个时候，一个从附近基地偷来的装载神经性毒气的炸弹被发现正在被运送...
秘密行动组是一部由David Mamet和Shawn Ryan做制片人的动作片，剧情伴随一支特种部队的秘密小组展开，他们冒着生命危险在世界各地执行机密任务，而他们的家人则在背后支持着他们，为丈夫保守秘密。 Jonas Blane (Dennis Haysbert饰演)带领着小组在外执行任务，他还招收了一个名叫Bob Brown (Scott Foley饰演)的新兵。 秘密行动组的成员包括Jonas, Colonel Tom Ryan (Robert Patrick饰演), Mack Gerhardt (Max Martin……
