2001年4月，经内蒙古自治区政府批准，内蒙古商业学校与内蒙古粮食学校合并组建内蒙古商业学校。2003年5月，经自治区政府批准并报经教育部核准备案，内蒙古商业学校与内蒙古工业美术设计学校合并组建内蒙古商贸职业学院。56年来，三所学校主动适应自治区经济建设和社会发展的需要，为自治区生产、建设、管理和服务领域培养了2.4万名应用型技能人才，为发展和稳定边疆，建设富裕、文明、和谐的内蒙古做出了重要贡献。
位于呼和浩特市高职园区、占地61公顷的新校区于2007年开工建设，一期工程建筑面积16.6万㎡，工程总投资2.74亿元，设立5个分校区，分校区实行管办主任负责制。
